在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战………
武内骏辅,佐伯伊织,上田瞳,白石晴香
中山祥德,井上穗乃花,户谷菊之介,内山昂辉,石桥阳彩,山根绮
高山南,石见舞菜香,细谷佳正
小市真琴,菲鲁兹·蓝,Lynn,关根明良,高桥李依,堀江瞬,熊田茜音,松井惠理子,杉田智和,明坂聪美,土岐隼一,永冢拓马,石见舞菜香,津田美波,森久保祥太郎,宫本充
